Bệnh hiếm thường là do [4] di truyền và do đó mãn tính. EURORDIS ước tính rằng ít nhất 80% trong số họ đã xác định nguồn gốc di truyền.[5] Các bệnh hiếm gặp khác là kết quả của nhiễm trùng và dị ứng hoặc do các nguyên nhân thoái hoá và sinh sôi nảy nở. 

Các triệu chứng của một số bệnh hiếm gặp có thể xuất hiện khi trẻ được sinh ra hoặc trong thời thơ ấu, trong khi những người khác chỉ xuất hiện khi đạt được tuổi trưởng thành. 

Các ấn phẩm nghiên cứu nhấn mạnh đến các bệnh hiếm gặp có tính mãn tính hoặc không chữa được, mặc dù nhiều điều kiện y khoa ngắn hạn cũng là bệnh hiếm gặp.[6]